Im ZSE-Tübingen existieren einige Spezialzentren, die sich auf die bestimmten, seltenen Erkrankungen konzentrieren. Das Hauptaugenmerk dieser Spezialzentren liegt in der Behandlung und Erforschung eine ausgewählten Spektrums von seltenen Erkrankungen. Die Gründer des ZSE-Tübingen wünschen sich, dass in Zukunft neben einer optimalen Betreuung und Versorgung betroffener Patienten auch das Engagement in der Politik verstärkt wird. Durch entsprechende Initiativen in der Politik und seitens der Verantwortlichen könnte ein nachhaltiger und koordinierter Aufbau von weiteren, ausgewählten Zentren in Deutschland möglich werden.
Die einzelnen Spezialzentren am ZSE-Tübingen:
* ZSH – Zentrum für Seltene Hauterkrankungen: Genetische Instabilität, schwere Hautfragilitäts-Syndrome, Ektodermale Dysplasie, Sklerodomie, Mastozytose, Seltene Autoimmunkrankheiten, Kongenitale Meanozytäre Nävi
* CCFC (Comprehensive Cystic Fibrosis) - Mukoviszidose-Zentrum Tübingen-Stuttgart: Mukoviszidose
* ZSNE – Zentrum für Seltene neurologische Erkrankungen und Entwicklungsstörungen: Choreatische Bewegungsstörungen, Ataxien, Leukodystrophien, Spastische Spinalparalysen, Syndromale Enwicklungsstörungen
* ZSKI – Zentrum für Seltene kongenitale Infektionserkrankungen: Kongenitale, symptomatische CMV-Erkrankung von Neugeborenen
* ZSGF – Zentrum für Seltene genitale Fehlbildungen der Frau: Partielles/Komplettes Androgeninsensitivitätssyndrom (p/cAIS), Mayer-Rokitansky-Küster-Häuser-Syndrom (MRKH-Syndrom), Genitale Doppelbildungen, Isolierte Vaginalaplasie, Zervixhypoplasien
* ZSA – Zentrum für Seltene Augenerkrankungen: Usher-Syndrom, Zapfendystrophien und Zapfen/Stäbchendystrophien, erbliche Netzhauterkrankungen, Beidseitige Optikusatrophien, Stargardt'sche Maculadegeneration, Seltene Glaukomerkrankungen