Die Schweinegrippe hat die deutschen Steuerzahler Millionen gekostet. Besonders ärgerlich sind die Kosten für die georderten Impfstoffe, die nicht gebraucht worden und deren Verfallsdatum ab August abläuft. Zwar kann jeder, der sich noch gegen die Schweinegrippe impfen lassen will, dies tun, für die saisonale Grippe muss aber auf andere Impfstoffe zurückgegriffen werden. Die Krankenkassen bezahlen nur die Kosten für tatsächlich vorgenommene Impfungen – die Kosten für die nicht verbrauchten Dosen müssen aus der Staatskasse bezahlt werden.
In Brandenburg wurden 1,05 Millionen Dosen im Wert von 9 Millionen Euro geordert. Es haben sich jedoch nur 167.000 Brandenburger impfen lassen. Auch Berlin bleibt auf dem größten Teil der 10,7 Millionen Euro sitzen, für die es den Impfstoff Pandemix bestellt hatte.
Der Abteilungsleiter im Gesundheitsministerium Thomas Barta sagte gegenüber der MAZ, dass die Bereitschaft der Deutschen, sich impfen zu lassen, überschätzt worden sei. Insgesamt haben sich nach Angaben des Robert-Koch-Instituts nur 8 Prozent der Deutschen gegen das H1N1-Virus impfen lassen. Brandenburg liegt mit 6,5 Prozent sogar noch darunter. Im Ministerium wird vermutet, dass der milde Verlauf der Pandemie und die kontroversen Berichte in den Medien über mögliche Nebenwirkungen zu dieser Reaktion der Menschen geführt hat. Denn gegen die saisonale Grippe lassen sich jährlich durchschnittlich etwa 20 Prozent der Deutschen impfen.
Insgesamt hatten Bund und Länder beim Hersteller Glaxo-Smith-Kline 50 Millionen Dosen geordert. Diese Bestellung wurde nach langem Hin und Her mit dem Hersteller auf 34 Millionen reduziert. Ein Verkauf der nicht benötigten Dosen ins Ausland konnte nicht durchgeführt werden, da andere Staaten ihre überflüssigen Impfstoffe verschenkten.