Ungeachtet einer EU-Regelung, die die Transparenz der Online-Flugbuchungen für Kunden verbessern sollte, fallen immer wieder Mehrfach-Gebühren, versteckte Unkosten und teurere Flüge nach der Online-Buchung an, so das Online-Portal der Stiftung Warentest (test.de).
Im Unterschied zu den Flugsuchmaschinen erheben die Online Flugvermittler zusätzliche Gebühren für den Service. Beim Online-Portal fluege.de ist die Servicegebühr von der Strecke und der Zahl der Mitreisenden abhängig, cheapfares.de dagegen verlangt pauschal 12 Euro. Bei Umbuchungen oder Stornierungen zahlt der Kunde gleich zweimal – einmal Gebühren an den Flugvermittler und einmal an die jeweilige Airline. So zahlt eine Familie mit 2 Kindern bei fluege.de 200 Euro zuzüglich der Servicegebühr für die Fluggesellschaft. Häufig sind ist bei Online-Flugvermittlern auch die Buchung einer Reiseversicherung voreingestellt, obwohl das schon im Jahr 2008 verboten wurde.
Es ist ein Glücksspiel, ob man den billigen Flug auf den Online-Portalen auch wirklich buchen kann. Oft sind bei den Flugvermittlern die aktuellen Flug-Informationen überhaupt nicht gespeichert. Dann kann es schon passieren, dass die Reisenden am Ende wesentlich teurere Flüge erhalten, als online im Portal angezeigt. Bei einer Direktbuchung bei der Fluggesellschaft kommt der Urlauber meistens günstiger weg. Vergleiche haben ergeben, dass ein Flug von Berlin nach Barcelona zwischen 139,78 Euro und 156,84 Euro angeboten wird, bei einer Direktbuchung bei der Airline mit Visa Electron kostet der Flug dagegen nur 118,98 Euro. Es gibt noch einen weiteren Vorteil, wenn man direkt bei den Fluggesellschaften bucht: Sie sind verpflichtet den Gesamtpreis für den Flug anzuzeigen. Einige Flugvermittler vertreten die Auffassung, dass die Verordnung für sie nicht zutrifft.